Ήταν ένα από τα πιο λαμπερά ζευγάρια του Hollywood που ξάφνιασαν τους πάντες με τον χωρισμό τους. Ειδικά η Nicole Kidman είχε καταρρεύσει ψυχολογικά μετά το διαζύγιό τους, ενώ έλεγε συνεχώς "είχαμε μια υπέροχη σχέση". Οι δυο stars έμειναν μαζί για δέκα ολόκληρα χρόνια από το 1990 έως και το 2000, ενώ όταν παντρεύτηκαν ο Cruise ήταν ήδη γνωστός, σε αντίθεση με την Αυστραλέζα ηθοποιό που ήταν στο ξεκίνημά της.
Πολλά ήταν τα σενάρια που είχαν ακουστεί τότε για τον πραγματικό λόγο του χωρισμού τους, όμως τι πραγματικά ισχύει; O λόγος που οδήγησε το ζευγάρι στον χωρισμό ήταν η πίστη του ηθοποιού στην Σαϊεντολογία. Επειδή η Nicole είναι καθολική, είχε άπειρες διαφωνίες με τον Cruise στο θέμα της πίστης, με αποτέλεσμα να είναι πυκνά συχνά πικραμένη.
Για πολλούς μάλιστα το όνομα της κόρης της Sunday Rose από τον τωρινό σύζυγό της Keith Urban είναι ένα "υπονοούμενο" απέναντι στην Σαϊεντολογία. Διότι για την καθολική Kidman, η Κυριακή ήταν ιερή μέρα κάτι που δεν ίσχυει σε καμία περίπτωση για τον Cruise. Έτσι, οι τσακωμοί και οι διαφωνίες τους άρχισαν να πληθαίνουν με τον καιρό οδηγώντας τους σταδιακά στον χωρισμό.
Σύμφωνα με τα τελευταία στοιχεία, ένα νέο ντοκιμαντέρ του Alex Gibney με τίτλο "Going Clear" μελετά έντονα τα πιστεύω της Εκκλησίας της Σαϊεντολογίας, της οποίας εδώ και πάρα πολλά χρόνια είναι μέλος ο Τom Cruise. Με βάση αυτήν την έρευνα, το διάσημο ζευγάρι χώρισε εξαιτίας του πατέρα της Kidman ο οποίος την επηρέαζε πάρα πολύ γενικά, καθώς ήταν διακεκριμένος ψυχολόγος κάτι που στην πορεία έφερε σε έξαλλη κατάσταση τον Tom Cruise, o οποίος είχε τις δικές του... περίεργες αντιλήψεις.
Ωστόσο, η Σαϊεντολογία βασίζεται στην ιδέα ότι όλα τα προβλήματα του ανθρώπου, ψυχικά και σωματικά, είναι το αποτέλεσμα της "Αντιδραστικής Διάνοιας", δηλαδή το τμήμα της διάνοιας που δεν ελέγχεται από τη θέληση του ατόμου. Τα φάρμακα και η ψυχοθεραπεία θεωρούνται όχι απλά αναποτελεσματικές θεραπείες, αλλά ξεκάθαρα επικίνδυνες και η χρήση τους απαγορεύεται. Απόψεις με τις οποίες διαφωνούσε κάθετα η Nicole Kidman.