Ο Γιάννης Βαρουφάκης έχει αποκτήσει την 12χρονη Ξένια από τον πρώτο του γάμο με την Μαργαρίτα Παύλου. Η κόρη του και η πρώην γυναίκα του μένουν μόνιμα στο Σίδνεϊ της Αυστραλίας ενώ μάλιστα χώρισαν όταν εκείνη ήταν έγκυος στην Ξένια, παρόλο που έκαναν προσπάθειες να μείνουν μαζί για το παιδί.
Σύμφωνα με το You, η κόρη του έχει πολύ καλές σχέσεις με την τωρινή σύζυγο του πατέρα της, Δανάη Στράτου όσο και με τον ίδιο ενώ μάλιστα μιλάνε σχεδόν καθημερινά μέσω Skype.
Όπως έχει δηλώσει ο ίδιος ο υπουργός Οικονομικών, έχει μεγάλη αδυναμία στην κόρη του ενώ όσον αφορά την τωρινή του σύζυγο, έχει πει πως του άλλαξε ολόκληρη την ζωή αφού την γνώρισε λίγο μετά αφότου έφυγε η κόρη του για Αυστραλία.
